《蘋果日報》6月22日揭發西鐵元朗站架空路段兩座橋躉出現沉降，沉降甚至逾20毫米停工指標，但元朗區議會6月26日討論相關事件時，屋宇署向元朗區議會提交的回覆聲稱沉降幅度並無超過20毫米的上限。

據屋宇署的回覆，署方曾於2013年9月在兩座橋躉安裝4個監測點，當時錄得沉降程度介乎15至18毫米，截至本月初沉降程度介乎16至18毫米，因應沉降和港鐵要求，地盤於2013年9月中暫停工程，2014年港鐵向署方提交方案，為橋躉進行「預防性加固」工程，方案2015年6月獲屋宇署接納，工程於2017年9月開始進行至今。

涉出現沉降的架空路軌，位於錦上路往元朗站方向路段，距離西鐵元朗站東面僅100米，據土木及結構工程師蘇耀坤回覆《蘋果日報》訪問，如橋躉沉降至20毫米屬非常嚴重，就算暫停附近工程，橋躉亦有機會停工後4年內繼續沉降，若沉降至25毫米便會影響建築結構，致橋面及路軌傾斜、橋影響列車行車安全、甚至可令橋面脫離橋躉跌落。