為方便不同高度的車輛,每個人手收費亭將設置上下兩組讀卡器,每組左邊的讀卡器接受八達通卡繳付,右邊則接受非接觸式信用卡繳付。若駕駛人士未能於人手收費亭成功拍卡繳費,仍可使用現金繳付隧道費。
海底隧道是第3條安裝「停車拍卡」式電子繳費系統的隧道,城門隧道及香港仔隧道早前已率先推行。惟香港仔隧道在9月下旬推出「停車拍卡」式電子繳費服務後,初期由於系統出現輕微技術問題,曾有以八達通卡繳付隧道費的駕駛人士須重新拍卡,以致被重複扣除費用,涉及41宗交易。
運輸署將陸續於其餘政府收費隧道及道路實施有關繳費安排,實施日期將於稍後的時間公布。