運輸及房屋局發言人今日（2月28日）表示，政府審核港鐵公司就沙中綫主要工程的最新修訂委託費用預算後，認為應下調預算，已於今日通知港鐵公司，政府同意的修訂預算為816億2,830萬元，較原委託費用預算增加約108億130萬元，與2017年評估的預算比較則下調57億元。

港鐵於2017年12月5日通知政府，沙中綫主要工程項目的委託費用需由原先的708億2,700萬元上調至873億2,800萬元，較原委託費用預算增加約165億元。路政署在其監察及核證顧問（監核顧問）的協助下與港鐵公司舉行多次會議，嚴格審核港鐵公司提供的資料，以及其估算工程造價的假設和基礎，以確定是否有足夠理據支持該估算。

港鐵考慮路政署的意見後，修訂沙中綫主要工程項目委託費用預算，並於2020年2月21日向政府確認修訂委託費用預算為829億9,930萬元。惟政府認為港鐵公司就增加其項目管理費（約13億7,100萬元）的理據並不充分，因為委託協議中的主要工程範圍、委託工作及委託計劃方面並無重大修改，因此不同意港鐵提出的額外項目管理費。經過多次商討，港鐵依然堅持政府應向其支付額外項目管理費，政府對此表示失望。

基於上述原因，政府將修訂委託費用預算調整為816億2,830萬元，即較原委託費用預算增加約108億130萬元。計及原來預留的項目備用金額、由其他工程項目支付的費用、以及監核顧問費用和其他政府開支後，政府需要提高沙中綫主要工程的核准工程預算合共約100億6,380萬元，以繼續推展沙中綫餘下的工程。政府認為修訂預算可作為申請撥款以進行餘下工程的基礎，港鐵仍須按相關工程合約條款釐定支付予承建商等的個別款項，過程中政府會嚴格把關。