反服貿的學生及民眾昨晚7：30起將行動升級，成功闖進行政院中央大樓，佔領行政院長江宜樺的辦公室。警方於凌晨起派出過千名警員，展開一連五波的武力清場行動，結果流血收場，事件做成數十人受傷，至少23人被捕。衝突後，行政院區終在今早5：10完全清場，群眾現與警方對峙，聚集在政院東大門、西大門外。

佔領行政院行動於昨晚七點展開奇襲，由於警察人數不及示威者眾，所以封鎖線一攻即破，民眾以油壓剪突破拒馬，警察被內外的群眾包圍。警方其後增援，並於凌晨零時起展開清場行動。警政署長王卓鈞下令，鎮暴警察要全力出動，並要求在天亮之前，要把行政院全面清場。

起初警方拿起盾牌強行壓向群眾，示威者躺在地上誓死反抗，並有學生試圖搶走盾牌，結果在首波行動中，已有學生受傷，並有23名學生被逮捕。在第二及第三波行動中，警方逐一將行政院正門外的示威人示抬走，而學生及支持者就手牽手未肯離開，並高呼「警察後退、警察打人」，在對峙期間，再有多名示威者受傷。

到凌晨3時，警方展開第四波驅逐行動，針對在行政院大門內的群眾，之前被驅逐的群眾打算重返行政院，而警方亦從雙北市增援，令情況進一步混亂。

去到凌晨4：30，警方展開最後一波行動，拒絕離開的群眾由躺在地上改為站起頑抗，警方則使用警棍還擊，結果到接近4：30，警方終於出動準備已久的水炮，兩度射向群眾。約5：00，行政院終於成功清場，群眾改為聚集於行政院的東、西大門外，繼續與警方對峙。

就今次暴力清場，國際特赦組織台灣分會再次呼籲，當局應該克制武力，學生代表亦強烈譴責事件，指警方以警棍、盾牌毆打手無寸鐵的學生，完全無視於學生和平行使集會遊行自由的事實，並炮轟馬英九總統、江宜樺院長與陳威仁部長及王卓鈞署長，認為他們應該為事件負起全部責任。馬英九就決定取消今日所有行程，並於早上召開會議，處理事件。