「人口健康調查」採用橫斷面分析，對象為香港的15歲或以上陸上非住院居民，不包括訪港旅客、外籍家庭傭工和雙程證持有人。調查會根據政府統計處的「屋宇單位框」抽樣訪問。

調查分為兩部分，即住戶訪問以及身體檢查。住戶訪問方面，訪問員將到訪被選中的住戶單位，與單位內所有15歲或以上的合資格成員進行個人訪談。受訪者隨後會被邀請填寫一份自填問卷。

問卷除收集住戶資料和社會人口特徵外，亦涵蓋一系列健康資料，包括身體健康、心理社交健康、與健康有關的生活習慣，以及預防疾病措施。

已完成上述問卷的受訪者將被抽選和邀請到指定體檢中心，接受進一步免費身體檢查，包括身體量度及化驗檢測。 受訪者將接受量度體重、身高、腰圍、臀圍，以及血壓。此外，亦會安排化驗檢測，測試受訪者的血脂、糖化血紅素和血糖、血色素、鐵質水平、病毒性肝炎，以及尿液中的鈉、鉀、肌酸酐和碘。

這次調查的目標是為約7900個住戶合共約16500名15歲或以上的受訪者完成住戶問卷，而身體檢查的目標採樣人數則為約1800名介乎15至84歲已完成問卷並同意接受身體檢查的受訪者。

衞生防護中心表示，十分重視數據的保密。所有訪問員均會帶備由衞生防護中心與受委託的承辦商發出的「訪問員證件」以供查閱。市民如有懷疑，可於每日上午9時至晚上10時致電承辦商熱線（3900 1194）核實訪問員的身分。所有承辦商人員須確保所有受訪對象的資料均嚴格保密。