台灣九合一選舉和10項公投點票，於深夜繼續進行，直至周日（11月25日）凌晨2時45分，最後一個直轄市市長終於完成點票，現任台北市長柯文哲，險勝國民黨的丁守中3千多票，成功連任。

選前民調柯文哲一直領前，惟優勢逐漸收窄，結果民調數據亦反映了真實狀況，開票期間，多個台灣媒體的報票顯示，柯文哲及丁守中一直叮噹馬頭，互有領先，一度維持數百票的距離，到最終「柯P」以不足1%優勢險勝。

然而，丁守中卻質疑中選會刻意跟台北市選委會合謀操作棄保，又稱不會承認一邊投票一邊開票，故提出選舉無效訴訟，要求查封選票。

在今屆選舉接連失利的民進黨，雖然保住了桃園及台南兩都的市長席位，惟最關鍵的高雄市，民進黨被國民黨的韓國瑜搶走近20年的執政地位。總統蔡英文為失利負責，辭任民進黨黨主席。

台北市長點票結果：

1.吳蕚洋得票：5,617
2.丁守中得票：577,566
3.姚文智得票：244,641
4.柯文哲得票：580,820
5.李錫錕得票：6,172

6個直轄市市長當選人：

台北：柯文哲（無黨籍）
新北：侯友宜（國民黨）
桃園：鄭文燦（民進黨）
台中：盧秀燕（國民黨）
台南：黃偉哲（民進黨）
高雄：韓國瑜（國民黨）