為防止疫情蔓延，日本政府周一（3月9日）起至本月底加強對中韓的入境管制。已發行的簽證無效，並要求入境者在家中或酒店隔離兩星期。對南韓、香港、澳門停止短期逗留時免簽證的制度，南韓也在同日啟動針對日本的對抗措施。

據日本外務省稱，無效的簽證中，包括中港澳約有280萬份，韓國約1.7萬份。已入境的人不受影響，一旦離境，在有效期內可多次使用的多次簽證就將無效。據《共同社》報道，在中韓新發放的簽證，將僅限人道上的理由等，政府表示幾乎不會有來自兩國的新入境人員。

據厚生勞動省稱，要求在日本時間周一凌晨零點起從中韓出發的人，入境後隔離兩週，不論國籍，也包括日本人，又要求避免使用公共交通工具，自費前往酒店或家中隔離。

對象還包括從第三國出發途經中韓的人，以及從中韓出發途經第三國的人。然而，這不是依據《檢疫法》的措施，不具有強制力。

來自中韓的航班限定在成田機場和關西機場降落，還要求船舶停止運送來自兩國的旅客。

日本航空和全日空從周一起，暫停東京羽田至首爾（金浦）的航班，連接羽田和北京等的航班也將停運或減少。