首任終審法院首席法官李國能認為，全國人大常委會法制工作委員會在「港區國安法草案」的說明中，提到行政長官指定若干法官審理涉及國家安全的案件，以及中央機構可行使管轄權，會損害香港的司法獨立。

李國能表示，說明中訂明，特首有權指定法官審理涉及危害國家安全的案件，將損害司法獨立。在《基本法》下，法官是經由特首按照司法人員推薦委員會的推薦來委任，推薦基礎是法官的專業才能，法官會獨立地行使司法權力，不受任何干預。

李國能認為，司法機構獨立於行政機關，應由獨立的司法機構決定審理有關案件的法官，不受行政機關的干預，斥行政長官欠缺挑選法官所需的經驗和專長，作為將在香港成立的維護國家安全委員會主席，行政長官不適宜挑選特定法官。

林鄭月娥回應指，尊重終審法院前首席法官李國能指委任法官要諮詢終審法院首席法官的言論，她作為行政長官，不認識法官專才，在指定法官處理國家安全相關案件時，必定會諮詢首席法官。

林鄭又反駁，指看不到港區國安法草案有那一條有違反基本法有關司法獨立的條文。她認為，國安法並無觸及法官國籍，是北京展示對香港司法機關的高度尊重及充份信任，並澄清由行政長官指定法官審理國安法案件，是指定一份適用於各級法院的法官名單，並非指明由那位法官處理，現時任命法官時，行政長官會接受司法人員推薦委員會的推薦，將來任命處理港區國安法的法官，都會採用相同程序。

林鄭月娥強調，目前一些特定專門法庭的專職法官，都是由行政長官委任，批評有人孤陋寡聞，反問國家安全行為活動，難道不比證券活動、勞資糾紛等重要