早於2007年，時任特首曾蔭權與深圳市達成協議，在「共同開發、共享成果」的前提下共同發展毗鄰落馬洲邊境，佔地近百公頃的深圳市河套區。當年立法會財委會撥款3370萬元進行河套區土地勘測及工程研究，將該區用作高等院校及高新科技研發。今日（7月13日）《蘋果日報》A1頭版報導，指取得特區政府內部密件，顯示香港政府未能確定擁有河套區土地業權，律政司亦未釐清業權爭議前，當地卻早已偷步完成各項工程研究撥款、環境評估、甚至前期工程招標。河套區隨時變成港府出資，再拱手相送深圳。

報導引述密件內容指，香港政府與深圳市政府在去年11月19日的聯合專責小組會議上提出「共識」，容許河套區土地按照香港法律進行批租，卻加入了「港方尊重落馬洲河套地區一直以來屬於深圳的事實」等條文要求港府接納。律政司認為這些條文不能確定香港擁有河套區業權。在同年11月25日的深港合作會議，深圳市政府再修訂字眼，在未收到證明文件確認深圳擁有河套區業權前，加上「河套地區發展的全部費用由香港特區政府承擔」、「落馬洲河套區歷史上屬於深圳」等條文，再次要求港府接受。

《蘋果日報》向前《基本法》諮詢委員會委員李永達查詢，李指由於香港地域劃分由《基本法》在1990年頒佈時已訂明，港府無法以法律處理在1997年深圳河治理工程完成後才出現的河套區土地。又指國務院曾在1997年頒佈221號院令，訂明香港地界以治理後的深圳河劃分，但國務院令在港並無法律依據。李指只能要求修改《基本法》相關條文避免業權被深圳搶奪。唯發展局及律政司均拒絕回應有關港府業權及《基本法》修法問題。

公共專業聯盟召集人黎廣德質疑深圳亦可以隨時收回河套區，香港法院更無法仲裁。在土地業權不清的情況下，獲政府批租土地的機構可能無法向銀行借貸。本土研究社成員陳劍青則指，深圳市的規劃文件「好積極講香港邊境要點樣開發」，反映深圳一直企圖開發香港邊境土地。