港鐵荃灣綫、港島綫、觀塘綫及將軍澳綫上星期二（10月16日）信號系統故障，嚴重影響乘客，機電署已要求港鐵公司繼續深入調查，並須同時全面檢查信號系統設備，於兩個月內提交詳細報告。

運輸及房屋局和港鐵向立法會提交文件，交代初步調查結果，指現時荃灣綫、港島綫、觀塘綫及將軍澳綫的信號系統，由兩間供應商提供。四條綫的兩個信號系統透過區間電腦互相連繫，數據傳輸必須保持同步以確保兩個系統互相溝通以發送行車指令。由於兩個系統的軟件計數器重置設定不同，導致兩個相連系統於10月16日早上如常進行互相同步程序時出現不協調情況，使信號系統運作不穩定，即未能發出穩定的行車指令。直至港鐵公司把相關綫路之間的連繫隔離及重新啓動所有電腦後，方能令四綫信號系統回復正常。

港鐵公司在當日早上5時前，於荃灣綫完成將新信號系統切換回現有系統，並如常調動列車準備提供服務。文件指事故確實是在切換回現有信號系統正常運作了一段時間後方才發生，因此並無證據顯示事故與信號系統更新工程及測試有關，故港鐵公司會繼續進行新信號系統測試。

根據港鐵票價調整機制內的「服務表現安排」，港鐵發生31分鐘或以上因機件故障或人為因素導致的服務延誤事故，即會被罰款，款項將會放入票價優惠帳戶，在下一年度透過實施票價優惠回饋乘客。由於政府及港鐵公司仍須深入調查事故成因，政府會於稍後與港鐵公司跟進。