因應除夕跨年倒數活動的舉行，除了港珠澳大橋香港口岸及落馬洲／皇崗口岸在除夕夜會如常24小時通關外，香港特別行政區政府與廣東省及深圳市相關部門達成共識，在除夕夜作出以下特別通關安排。

羅湖口岸的旅客清關服務由原來凌晨12時關閉，延長至翌日凌晨2時，港鐵東鐵線會相應延長服務時間，由金鐘往羅湖方向的尾班車會延後至凌晨12時25分開出；深圳灣口岸的旅客和客車清關服務由原來凌晨12時關閉，改為通宵服務，即24小時運作。

為更有效分流跨境私家車，在元旦日深圳灣口岸實施24小時通關期間，只有持落馬洲管制站封閉道路通行許可證的跨境私家車可行走落馬洲／皇崗口岸；至於持有深圳灣口岸、落馬洲／皇崗、香園圍、文錦渡或沙頭角管制站相關許可證的跨境私家車，可在元旦日凌晨時段使用深圳灣口岸。

至於跨境巴士方面，特區政府與跨境巴士服務營辦商安排新增元旦日凌晨時段使用深圳灣口岸的服務，亦會加強使用落馬洲／皇崗口岸的服務，包括由市區主要站點例如灣仔、太子及佐敦等出發的跨境巴士，以及來往落馬洲（新田）公共運輸交匯處與落馬洲／皇崗口岸的穿梭巴士（皇巴）和港珠澳大橋穿梭巴士（金巴）。此外，在有需要時會於港珠澳大橋、落馬洲／皇崗及深圳灣口岸等地設立公共交通專用通道，保障公交服務暢順。

就接駁口岸的本地公共交通服務而言，為配合深圳灣口岸在元旦日二十四小時通關的特別安排，專營巴士營辦商會於凌晨時段營運第NB2號和NB3號兩條特別通宵巴士路線，分別提供往返元朗／天水圍和往返屯門的服務。另外，使用當晚通宵服務的港鐵東鐵線的旅客，在羅湖口岸關閉後，亦可在港鐵上水站乘搭特別開設的第N73號線短程巴士服務前往落馬洲（新田）公共運輸交匯處，換乘皇巴前往深圳。